В январе 1930 года в залах Зимнего дворца была открыта антирелигиозная выставка. Экспонаты для неё были выделены из фондов библиотеки Академии наук СССР, Государственного Эрмитажа и Русского музея. В 1932 году на основе выставки в Казанском соборе был открыт Музей истории религии и атеизма. Во время блокады в соборе работала выставка "Отечественная война 1812 года". Здание сильно постродало от бомбёжек и артобстрелов (после войны насчитали 1600 пробоин). Реставрационные работы начались в 1951 году и продолжались до 1969 года.
В настоящее время музей располагает ценными коллекциями предметов культа различных вероисповеданий, произведений живописи и скульптуры, документов (более 127 тысяч единиц хранения). Постоянно действующая экспозиция включает отделы: "История русского православия", "Русское церковное искусство", "История христианства на Западе", "Мемориал М.И.Кутузова".
Адрес музея: г. С.-Петербург, Казанская пл., 2.